O PPGM possui 5 bolsas de pós-doutorado do PNPD/CAPES distribuídas através de editais. O candidato ao pós-doutorado no PPGM poderá solicitar junto com seu supervisor uma bolsa de pós-doutorado, diretamente com às entidades de fomento FAPESP, CAPES e CNPq. As principais áreas de pesquisa dos pós-doutorandos são

• Álgebra, Análise (Equações Diferenciais Parciais, Física-Matemática, Operadores Diferenciais Parciais, Teoria Geométrica da Medida) e Geometria e Topologia (Geometria Diferencial, Sistemas Dinâmicos, Singularidades e Topologia Algébrica).

Os atuais bolsistas de pós-doutorandos são: