O PPGM possui três areas de concentração Álgebra, Análise e Geometria e Topologia, que se dividem nas linhas de pesquisa de Álgebra, Equações Diferenciais Parciais, Física-Matemática, Operadores Diferenciais Parciais, Teoria Geométrica da Medida, Geometria Diferencial, Sistemas Dinâmicos, Singularidades e Topologia Algébrica.