Em 1972, o Departamento de Ciências Físicas e Matemáticas (DCFM) foi criado pelo então Reitor, Prof. Dr. Luiz Paulo Mesquita Maia. O DCFM estava localizado no edifício Dr. Lauro Monteiro da Cruz, na área sul da UFSCar, onde agora é o atual CECH. Em 1976, o Departamento de Matemática foi criado, separando-se do DCFM. A 1ª Reunião da Câmara do Departamento de Matemática ocorreu em 22 de abril de 1976. Em 1979, o DM mudou-se para o Edifício 1, no Conjunto das Químicas, quando a UFSCar começou a se expandir para a área norte. Na década de 1990, o DM mudou-se para o atual AT-10, compartilhando o espaço com o CCET. Em novembro de 2012, o Departamento de Matemática mudou-se para seu próprio prédio, localizado na área norte da UFSCar.